Balai Penelitian dan Pengembangan Agama Makassar berupaya mewujudkan tata kelola yang baik, transparan, efektif, dan akuntabel melalui pembagian tugas dan fungsi yang jelas pada setiap bidang kerja.
Bidang-bidang tersebut meliputi Zona Integritas, kehumasan dan perpustakaan, umum dan BMN, keuangan dan perencanaan, SDM dan Ortala, indeksasi dan program, analis kebijakan dan penjaminan mutu, serta arsip, data, dan pelaporan.
berikut disajikan berbagai peraturan perundang-undangan dan ketentuan pendukung yang menjadi dasar pelaksanaan tugas dan fungsi pada masing-masing bidang di Balai Penelitian dan Pengembangan Agama Makassar